Batrachochytrium salamandrivorans je smrtelný patogen ohrožující ocasaté obojživelníky způsobující mločí chytridiomykózu, který se z Asie během posledních 10 let rozšířil i do evropských zemí. Cílem této práce bylo zjistit, zda se s ním můžeme setkat i na území České republiky, konkrétně v oblasti Drahanské vrchoviny a jejího okolí. Kromě Bsal je práce zaměřena i na jiné patogeny obojživelníků, jako příbuzný Batrachochytrium dendrobatidis způsobující žabí chytridiomykózu, ranavirus a herpesvirus. K analýze byla použita environmentální DNA získaná ze vzorků vody z vybraných toků, DNA získaná prostřednictvím kožních stěrů z obojživelníků a jako metoda byla využita kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR) a LAMP. Toky byly zvoleny podle mapy výskytu mloka skvrnitého a dalších obojživelníků na nálezové databázi ochrany přírody Agentury ochrany přírody a krajiny České republiky. Testováním bylo zjištěno, že se ve vybraných potocích na území Drahanské vrchoviny a jejího okolí žádný ze zkoumaných patogenů nevyskytuje. Součástí práce je také statistické zhodnocení rozdílu ve výskytu testovaných druhů obojživelníků mezi lokalitami v oblasti Drahanské vrchoviny v jednotlivých ročních obdobích.
Anotace v angličtině
Batrachochytrium salamandrivorans is a deadly pathogen threatening the Caudata group of amphibians, causing chytridiomycosis, which has expanded from Asia to European countries over the past decade. The aim of this study was to determine whether this pathogen is also present in the Czech republic, specifically in the Drahany Highlands region and its surroundings. In addition to Bsal, the study also focuses on other amphibian pathogens, such as the related Batrachochytrium dendrobatidis causing amphibian chytridiomycosis, ranavirus and herpesvirus. Environmental DNA obtained from water samples from selected streams, DNA obtained through skin swabs from amphibians, and the method quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and LAMP were used for the analysis. The streams were chosen based on map of the occurence of the fire salamander and other amphibians in the database of Nature Conservation Agency of the Czech republic. Testing revealed that none of the examined pathogens were present in the selected streams in the Drahany Highlands region and it's surroundings. Part of the thesis also includes a statistical evaluation of the differences in the occurrence of the tested amphibian species between locations in the Drahanská Highlands during different seasons.
Batrachochytrium salamandrivorans je smrtelný patogen ohrožující ocasaté obojživelníky způsobující mločí chytridiomykózu, který se z Asie během posledních 10 let rozšířil i do evropských zemí. Cílem této práce bylo zjistit, zda se s ním můžeme setkat i na území České republiky, konkrétně v oblasti Drahanské vrchoviny a jejího okolí. Kromě Bsal je práce zaměřena i na jiné patogeny obojživelníků, jako příbuzný Batrachochytrium dendrobatidis způsobující žabí chytridiomykózu, ranavirus a herpesvirus. K analýze byla použita environmentální DNA získaná ze vzorků vody z vybraných toků, DNA získaná prostřednictvím kožních stěrů z obojživelníků a jako metoda byla využita kvantitativní polymerázová řetězová reakce (qPCR) a LAMP. Toky byly zvoleny podle mapy výskytu mloka skvrnitého a dalších obojživelníků na nálezové databázi ochrany přírody Agentury ochrany přírody a krajiny České republiky. Testováním bylo zjištěno, že se ve vybraných potocích na území Drahanské vrchoviny a jejího okolí žádný ze zkoumaných patogenů nevyskytuje. Součástí práce je také statistické zhodnocení rozdílu ve výskytu testovaných druhů obojživelníků mezi lokalitami v oblasti Drahanské vrchoviny v jednotlivých ročních obdobích.
Anotace v angličtině
Batrachochytrium salamandrivorans is a deadly pathogen threatening the Caudata group of amphibians, causing chytridiomycosis, which has expanded from Asia to European countries over the past decade. The aim of this study was to determine whether this pathogen is also present in the Czech republic, specifically in the Drahany Highlands region and its surroundings. In addition to Bsal, the study also focuses on other amphibian pathogens, such as the related Batrachochytrium dendrobatidis causing amphibian chytridiomycosis, ranavirus and herpesvirus. Environmental DNA obtained from water samples from selected streams, DNA obtained through skin swabs from amphibians, and the method quantitative polymerase chain reaction (qPCR) and LAMP were used for the analysis. The streams were chosen based on map of the occurence of the fire salamander and other amphibians in the database of Nature Conservation Agency of the Czech republic. Testing revealed that none of the examined pathogens were present in the selected streams in the Drahany Highlands region and it's surroundings. Part of the thesis also includes a statistical evaluation of the differences in the occurrence of the tested amphibian species between locations in the Drahanská Highlands during different seasons.
Patogen mloků, chytridiomyceta Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) se šíří v Evropě a její rozšíření do ČR je pravděpodobné v řádu let. Sběr dat před příchodem patogenu, potenciálně záchyt v momentu invaze je zásadní pro praktickou ochranu druhu. První část práce bude literární rešerše o Bsal v Evropě, mloku skvrnitém a specifikách batrachofauny Jeseníků. Student/ka naváže kontakt a spolupráci s CHKO Jeseníky, aby získal/a povolení ke vzorkování. Na jaře a v létě proběhne terénní část práce - vizuální sledování populace, odběry vzorků a testování na Bsal. Následující podzim a zima bude určena ke zpracování a vyhodnocení vzorků.
Zásady pro vypracování
Patogen mloků, chytridiomyceta Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) se šíří v Evropě a její rozšíření do ČR je pravděpodobné v řádu let. Sběr dat před příchodem patogenu, potenciálně záchyt v momentu invaze je zásadní pro praktickou ochranu druhu. První část práce bude literární rešerše o Bsal v Evropě, mloku skvrnitém a specifikách batrachofauny Jeseníků. Student/ka naváže kontakt a spolupráci s CHKO Jeseníky, aby získal/a povolení ke vzorkování. Na jaře a v létě proběhne terénní část práce - vizuální sledování populace, odběry vzorků a testování na Bsal. Následující podzim a zima bude určena ke zpracování a vyhodnocení vzorků.
Seznam doporučené literatury
Beukema et al. 2021. Landscape epidemiology of Batrachochytrium salamandrivorans: reconciling data limitations and conservation urgency. Ecol Appl 31:e02342.
Lötters et al. 2020. The amphibian pathogen batrachochytrium salamandrivorans in the hotspot of its european invasive range: Past ? present ? future. Salamandra 56:173-188.
Martel et al. 2013. Batrachochytrium salamandrivorans sp. nov. causes lethal chytridiomycosis in amphibians. Proc Natl Acad Sci USA 110:15325-15329.
More et al. 2018. Risk of survival, establishment and spread of Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) in the EU. Efsa Journal 16.
Sandvoß et al. 2020. Spread of the pathogen batrachochytrium salamandrivorans and large-scale absence of larvae suggest unnoticed declines of the European fire salamander in the southern eifel mountains. Salamandra 56:215-226.
Schmeller et al. 2020. Batrachochytrium salamandrivorans kills alpine newts (Ichthyosaura alpestris) in southernmost Germany. Salamandra 56:230-232.
Schulz et al. 2020. Batrachochytrium salamandrivorans in the ruhr district, germany: History, distribution, decline dynamics and disease symptoms of the salamander plague. Salamandra 56:189-214.
Thein et al. 2020. Preliminary report on the occurrence of batrachochytrium salamandrivorans in the steigerwald, bavaria, germany. Salamandra 56:227-229.
Seznam doporučené literatury
Beukema et al. 2021. Landscape epidemiology of Batrachochytrium salamandrivorans: reconciling data limitations and conservation urgency. Ecol Appl 31:e02342.
Lötters et al. 2020. The amphibian pathogen batrachochytrium salamandrivorans in the hotspot of its european invasive range: Past ? present ? future. Salamandra 56:173-188.
Martel et al. 2013. Batrachochytrium salamandrivorans sp. nov. causes lethal chytridiomycosis in amphibians. Proc Natl Acad Sci USA 110:15325-15329.
More et al. 2018. Risk of survival, establishment and spread of Batrachochytrium salamandrivorans (Bsal) in the EU. Efsa Journal 16.
Sandvoß et al. 2020. Spread of the pathogen batrachochytrium salamandrivorans and large-scale absence of larvae suggest unnoticed declines of the European fire salamander in the southern eifel mountains. Salamandra 56:215-226.
Schmeller et al. 2020. Batrachochytrium salamandrivorans kills alpine newts (Ichthyosaura alpestris) in southernmost Germany. Salamandra 56:230-232.
Schulz et al. 2020. Batrachochytrium salamandrivorans in the ruhr district, germany: History, distribution, decline dynamics and disease symptoms of the salamander plague. Salamandra 56:189-214.
Thein et al. 2020. Preliminary report on the occurrence of batrachochytrium salamandrivorans in the steigerwald, bavaria, germany. Salamandra 56:227-229.